2007年，瓜迪奥拉成为巴塞罗那竞技队主教练。瓜迪奥拉将上赛季降级的球队带回C联赛，取得了28胜9平5负的战绩。在对阵卡斯蒂略和巴巴斯特雷的附加赛中，瓜迪奥拉的球队打进9球，0失球。

2008年5月9日，瓜迪奥拉正式成为一线队主教练。

2009年5月13日，巴伦西亚梅斯塔利亚球场，巴塞罗那在国王杯决赛中以4-1击败毕尔巴鄂竞技队，俱乐部历史上第25次夺得国王杯，从而揭开了六冠王的面纱。国王的序言。

2009年5月16日，在马略卡岛客队更衣室内，巴塞罗那提前三轮夺得西甲冠军。这是俱乐部历史上第19座联赛冠军。

2009年5月27日，罗马奥林匹克体育场，巴塞罗那在欧冠决赛中2-0击败曼联，夺得俱乐部历史上第三座欧冠奖杯，完成三冠王。

2009年8月23日09 10赛季欧冠冠军，在诺坎普举行的西班牙超级杯第二轮比赛中，巴塞罗那以3-0击败毕尔巴鄂竞技队，以两回合总比分5-1夺得冠军。这是巴塞罗那历史上第8次获得西班牙超级杯。 。

2009年8月29日，摩纳哥路易二世体育场，2009-10欧洲超级杯决赛中，上赛季欧冠冠军巴塞罗那以1-0击败上届欧洲联盟杯冠军顿涅茨克矿工，凭借梅西加时助攻佩德罗打进唯一进球目标。这是巴塞罗那第三次赢得这项赛事。

2009年12月19日，世俱杯决赛在阿联酋阿布扎比扎耶德体育城体育场举行。巴塞罗那在加时赛中2-1逆转南美解放者杯冠军阿根廷大学生队，取得了史无前例的六冠王。 。

2010年5月16日（当地时间），在巴塞罗那主场诺坎普球场，数万名球迷见证了巴塞罗那在联赛最后一轮4：0战胜保级队瓦拉多利德，以99的比分击败皇家马德里，夺得欧冠冠军。以创历史新高的成绩夺得联赛冠军。这是西班牙甲级联赛自1929年成立以来的最高得分，打破了卡佩罗在1996-97赛季随皇马创下的92分纪录，也为球队赢得了俱乐部历史上第20座联赛冠军奖杯。这也是巴萨20年来获得的第10座冠军奖杯。

2010年8月22日，巴塞罗那主场4-0横扫塞维利亚，总比分5-3逆转。俱乐部历史上第九次赢得西班牙超级杯冠军。

2011年5月12日，巴萨客场1-1战平莱万特，提前两轮夺得西班牙甲级联赛冠军，实现西甲三连冠。

2011年5月29日，巴塞罗那在温布利球场以3-1击败曼联，夺得2010-11赛季欧洲冠军杯冠军。

2011年8月17日，巴塞罗那主场3-2击败死敌皇家马德里，以总比分5-4夺得俱乐部历史上第10座西班牙超级杯。

2011年8月27日，巴塞罗那在摩纳哥路易二世球场以2：0击败欧联杯冠军波尔图，夺得俱乐部历史上第四座欧洲超级杯。这是瓜迪奥拉执教的第12座奖杯。他也是第一位两次夺得欧洲超级杯冠军的西班牙教练。

2011年12月18日，巴塞罗那在日本横滨以4：0击败南美冠军桑托斯。梅西打进2球，哈维和法布雷加斯各进一球。巴塞罗那成为第一支两次夺得世俱杯冠军的球队，也是欧洲球队第26次获得世界冠军。这是瓜迪奥拉执教巴萨以来第13座冠军奖杯。

2012年5月25日，巴塞罗那在马德里卡尔德隆球场以3-0击败毕尔巴鄂竞技队。佩德罗梅开二度，梅西进球。这是巴塞罗那历史上第26次夺得国王杯冠军。这也是瓜迪奥拉执教巴萨四年内的第14座冠军。

2008-09赛季，瓜迪奥拉率队夺得西班牙杯、西甲和欧洲冠军杯冠军，创造了三冠王的奇迹。随后又带领球队夺得了当年的西班牙超级杯、欧洲超级杯和世俱杯冠军，创造了奇迹。史无前例的六次冠军。

这一伟大成就使瓜迪奥拉成为继克鲁伊夫和萨米蒂尔之后第三位以球员和教练身份为巴萨夺得联赛冠军的人。他是第六位以球员和教练身份夺得欧洲冠军杯的传奇人物，并创造了21世纪第一个三冠王和历史上的第一个六冠王。

北京时间2012年4月27日晚19时30分。巴萨在诺坎普球场里卡德新闻中心召开新闻发布会，正式确认瓜迪奥拉本赛季合同到期后将不再与俱乐部续约。

执教巴萨四个赛季后，瓜迪奥拉带队参加了247场比赛，取得了179胜47平21负的成绩，胜率高达惊人的72.47%。他带领球队赢得了14座冠军奖杯，其中包括3座西甲冠军和2座欧冠冠军。 、2次国王杯冠军、3次西班牙超级杯冠军、2次欧洲超级杯冠军和2次世俱杯冠军。 2013年1月16日，德甲豪门拜仁慕尼黑在其官网宣布，前巴萨主帅瓜迪奥拉将从2013-14赛季起正式担任球队主教练。

2013年7月21日，瓜迪奥拉率领的拜仁慕尼黑以5-1击败门兴格拉德巴赫，夺得联赛冠军和德国电信杯冠军。

2013年7月25日，瓜迪奥拉率领拜仁2-0击败巴塞罗那，夺得赫内斯杯冠军。

2013年8月3日，瓜迪奥拉率领拜仁2-1击败曼城，夺得奥迪杯冠军。

2013年8月1日，奥迪杯决赛中，拜仁慕尼黑2-1击败曼城，夺得冠军。

2013年8月31日，瓜迪奥拉带领拜仁用时120分钟2-2战平切尔西，比赛进入点球大战。点球大战中，拜仁5罚全中，夺得2013年欧洲超级杯冠军。

2013年12月22日，瓜迪奥拉率领拜仁击败东道主卡萨布兰卡，夺得第10届世俱杯冠军。

2014年5月10日21时30分（德国当地时间15时30分），德甲联赛最后一轮全部比赛同时拉开帷幕。拜仁主场1-0战胜斯图加特。老将皮萨罗替补登场，压哨绝杀。瓜迪奥拉带领拜仁夺得2013-14赛季德甲冠军。

2014年5月18日凌晨2点（德国当地时间17日20点），瓜迪奥拉率领拜仁2-0击败多特蒙德夺得德国杯冠军，创下17冠纪录，成为“双冠王” “国内联赛和杯赛。

2015年12月20日晚，拜仁慕尼黑官方宣布，球队现任主帅瓜迪奥拉将不再与俱乐部续约09 10赛季欧冠冠军，并将在2015-2016赛季结束后卸任。

拜仁俱乐部主席鲁梅尼格表达了对瓜迪奥拉的感谢，“我们感谢瓜迪奥拉自2013年以来为俱乐部所做的一切。我相信佩普和我们的球队从现在开始会变得更好。”从现在开始09 10赛季欧冠冠军，他将更加专注于实现自己的竞技体育目标，因为现在很明显佩普将离开拜仁。 2016年2月1日，英超豪门曼城正式宣布2016年夏季及2015-2016赛季换帅。结束后，与拜仁慕尼黑合同到期的瓜迪奥拉将接替佩莱格里尼成为蓝月亮新任主教练。双方签订了一份为期三年的合同，直到2019年夏天。英国媒体透露，瓜迪奥拉迪奥拉的年薪将为1500万英镑。

“曼城可以确认，与瓜迪奥拉的合同谈判已经在过去几周内完成，现在已经完成。他将从2016/17英超赛季开始担任曼城新任主教练，合同为期三年。自2012年起，曼城就开始与瓜迪奥拉进行接触，如今双方已经重新建立了关系。”曼城官方网站发表声明，“出于对佩莱格里尼和球员的尊重，俱乐部希望向瓜迪奥拉透露这一信息。避免不必要的猜测，佩莱格里尼完全支持这种沟通方式，并决定他将全力专注于本赛季，继续带领曼城前进。”